Man har experimentellt (Edman, Mets&Rigler (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 6710-6715; Wennmalm,Edman&Rigler (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 10641-10646) visat att interaktionen mellan en probmolekyl (ett fluorescent färgämne) och DNA ger en fluorescensrelaxation som är karaktäristisk för förekomsten av en fördelning av övergångshastigheter mellan två konformationer.
I detta exjobb skall modeller byggas för ett sådant färgämne-DNA
komplex, och
sedan skall man med hjälp av MD simuleringar, med programpaketet
CHARMM ,
studera hur dessa komplex dissocierar.