Peptidstruktur

Den konformation en (oligo)peptid har beror både på dess aminosyresekvens och på omgivningen. Man har t ex ofta funnit att peptider som tycks sakna sekundärstruktur i vattenlösning intar en bestämd konformation när de sätts i en annan miljö, vanligen ett organiskt lösningsmedel eller en vatten-alkoholblandning.

Lämpliga exjobb inom detta projekt är att med molekyldynamisk simulering studera peptider i olika miljöer (vatten, urea, metanol), och karakterisera peptidens konformation, dynamik och växelverkan med lösningsmedlet - hur är lösningsmedlets molekyler fördelade kring peptiden, hur länge stannar de och vilka typer av växelverkningar är viktigast?

Programvara och datorresurser för simuleringar och huvuddelen av analyserna finns; viss programmering kan ingå, beroende på intresse hos hugade spekulanter, särskilt för analys och presentation av resultaten.

Ett varv av en alfa-helix (studerad med avseende på stabilitet; Brooks&Nilsson, 1993)

Litteratur

De Loof, H., Nilsson, L. & Rigler, R. (1992) Molecular Dynamics Simulation of Galanin in Aqueous and Non-aqueous Solution, J. Am. Chem. Soc., 114, 4028-4035.

Vogel, H., Nilsson, L., Rigler, R., Meder, S.,Boheim, G., Beck, W., Kurth, H.H. & Jung, G. (1993) Structural Fluctuations Between Two Conformational States of a Transmembrane Helical Peptide Are Related to Its Channel Forming Properties in Planar Lipid Membranes, Eur. J. Bioch. 212, 305-313.

Whitley, P., Nilsson, L. & von Heijne, G. (1993) A Model for the 3D-Structure of the Membrane Domain of Escherichia coli Leader Peptidase Based on Disulphide Mapping, Biochemistry 32, 8534-8539.

Brooks, C.L. III & Nilsson, L (1993) The Promotion of Helix Formation in Peptides Dissolved in Alcohol and Water-Alcohol Mixtures, J. Am. Chem. Soc., 115, 11034-11035